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续集依然延续第一部的世界设定，不同的是时间线更加随意，在同一时空下存在着更多个不同的克隆版“艾米丽”。由于技术故障，原本应该接替5号艾米丽的6号艾米丽无法获取“上一任艾米丽”的记忆，于是她干脆找到了仍

小智（松本莉香 配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇 配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的

在宇宙中有一种绿色的外星生物，他们捕捉其他生物，吸取生命能量。从而来繁衍更多的外星族人。但是毁灭的物种并没有给他们带来太多的生命能量，令外星人统帅很生气。外星人副官扫描星系，终于发现一个巨大的生命能量

小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此